台南客運的的前身為1928年成立的臺南計程車株式會社（臺南タクシー株式會社），並於1942年整併為臺南乘合自動車株式會社。主要經營台南市區公車及原新豐郡（含仁德、關廟、歸仁、龍崎等，略微現在紅幹支線）路線，但也有服務與興南客運競爭的麻豆、大內、新化、新市、善化等鄉鎮；台南客運還曾與新營、高雄、屏東客運等業者聯營，開至新營、旗山、屏東等地。在過去的輝煌時期也曾有「全福號」冷氣車品牌。後來因經營不善，台南客運於2003年的無預警停駛事件後宣布倒閉，其所經營之台南市區公車路線由高雄客運接手，公路客運路線則由興南客運接駛。
在2013年幹線化後，除了紅幹線、支線外，綠17（台南—大灣—新化）與橘12（台南—新市—善化—麻豆）等線之前身都是台南客運的路線。